Opoziční zastupitel Koalice pro Olomoucký kraj Marian Jurečka (KpOK) vyjádřil pochybnosti o transparentnosti celého procesu: „Pokud dopravci nedostanou včas parametry zakázky, tak budou nepřímo vyřazeni ze soutěže. Logicky nastane situace, že pouze České dráhy budou schopny vyhovět nabídce. Což už ovšem nemusí být pro kraj ani jeho občany cenově nejvýhodnější řešení. Nemůžu souhlasit s předloženým materiálem, jelikož nesouzní s principem řádného hospodáře. Lze očekávat za drahé peníze staré vozy.“  Jak říká zastupitel Petr Daněk (Starostové Pro Olomoucký kraj): „Ztížíme podmínky všem nestátním dopravcům, protože za méně než dva roky nikdo nové vlaky nevyrobí. A tito dopravci nemohou vlaky objednat před podpisem smlouvy s krajem. Hrozí, že Olomoucký kraj bude vybírat z méně nabídek a vysoutěží tak horší služby pro občany kraje.“ „Požaduji transparentní záznamy z tržních konzultací“ říká Jurečka a doplňuje, že přímé zadání v této oblasti působí jako indikativní zakázka pro České dráhy.  
V rámci schvalování aktualizace Zásad územního rozvoje byla vznesena námitka ze strany opozičních zastupitelů Koalice pro Olomoucký kraj a Starostové ProOlomoucký kraj na některé sporné body materiálu. V první řadě se jedná o vynětí území o rozloze 44 hektaru orné půdy z katastru obce Hněvotín za účelem plánovaného vybudování biomedicínského centra. „Vedle nesouhlasného stanoviska obce Hněvotín a jejich občanů si dovoluji konstatovat, že ve srovnání s jinými biomedicínskými centry v ČR se jedná o bezprecedentně vysokou výměru pozemku k těmto účelům. Nehledě na to, že v rámci města Olomouc by mohlo být využito jiných pozemků, např. tzv. brownfieldů“ argumentuje Jurečka. Žádost o změnu tohoto bodu však nebyla Zastupitelstvem Olomouckého kraje podpořena. Předseda zastupitelského klubu Starostové Pro Olomoucký kraj Radim Sršeň se obává, že podmínky využití území, stanovené Ministerstvem životního prostředí jsou příliš vágní: „Mezi přípustné využití patří například centrum strategických služeb, za čímž se může skrývat téměř cokoliv. Může se tedy stát, že se celá plocha rychle zaplní dalšími logistickými centry a až přijde skutečný investor biomedicínského centra, žádná plocha už nezbyde – v současnosti totiž žádný takový investor neexistuje.“ Jurečka se dále pozastavuje nad plánovanou výstavbou druhé letecké dráhy na soukromém letišti v katastru obce Bohuňovice: „Stejně jako v případě Hněvotína, je i v tomto případě samotná obec proti záměru kraje. Již v roce 2011 občané v místním referendu rozhodli, že s výstavbou nesouhlasí. Nejedná se o veřejný zájem. Není to tedy jen zájem investora?“ ptá se opoziční zastupitel.